1904 besucht eine Schulklasse die südenglische Hafenstadt Littletown, um das neue Museumsschiff Bounty zu besichtigen.

Auf zauberhafte Weise erfahren sie, dass Codo, ein Killerkomet, sich in 99 Tagen auf die Erde stürzen und sie vernichten will. Nur der Blaue Kristall besitzt die magische Kraft, ihn aufzuhalten. Er befindet sich auf einer Südseeinsel. Kurzerhand kapern die Kinder die Bounty und segeln in die Südsee, um den Kristall zu suchen. Bis sie ihn finden, erleben sie spannende und aufregende Abenteuer.

Auf der Rückreise verlieren sie Zeit durch eine Flaute, müssen mit Kannibalen um Trinkwasser kämpfen und eine Meuterei überstehen. Aber noch ist die Erde nicht gerettet. Ein tödlicher Sturm bei Kap Hoorn muss auch noch überlebt werden.